第一步：平定金门、厦门
康熙元年（1662年），郑成功去世，其子郑经继位。此时清朝已基本统一全国，明清鼎革之势已成，郑氏继续割据台湾，逐渐变成地方割据政权。郑经不时派兵袭扰东南沿海，威胁到大陆东南地区的社会安定和经济发展，也阻碍了两岸人民的经济文化交流。郑
氏集团在同清朝的交战中处于下风，内部也不断发生内乱，势力此消彼长，清朝彻底解决台湾问题的时机逐渐成熟。
康熙二年（1663年），清军兵分三路：福建总督李率泰、靖南王耿继茂率兵进攻金门、厦门， 自同安出发；提督马得功率领郑氏降兵以及荷兰战舰自泉州出发；黄梧、施琅率兵出海澄。清军与郑军水师于金门外乌沙港交战，马得功战死，清兵初战失利。但是同安、海澄两路取得胜利，攻破厦门。
2022.11 59
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康熙三年（1664年），杜辉、周全斌以南澳、铜山等地降清，郑经被迫退出大陆，据守台湾自保。此后，清朝与郑氏大体上保持了数年的和平， “ 撤降兵分屯诸省 ，严戍守界，不复以台湾为意。锦兵亦不出，相安者数年”，使东南地区经济得到一定的恢复和发展。
除了交战外，双方还尝试采取和平谈判的方式。早在康熙元年（1662年）郑氏爆发内乱时，郑经就曾与清朝谈判，但双方未能达成一致意见。康熙四年（1665年），郑经“请称臣入贡 ，如朝鲜 ” ，遭到清朝的拒绝。康熙八年（1669年），康熙帝亲自指示对台湾的谈判，依旧未能达成一致意见。清朝与郑氏的分歧，主要在于郑氏政权欲效仿朝鲜与琉球之例，作为清朝的朝贡国存在。但是郑氏的方案在康熙帝看来是不能接受的，“朝鲜系从来所有之外国，郑经乃中国之人”，必须剃发归顺。康熙帝甚至为此愿意做出一定程度的让步，允许郑氏集团仍定居台湾，但最终未成功。
康熙十二年（1673年），清朝爆发三藩之乱，郑经乘机出兵占领漳州、泉州等地。康熙十五年（1676年），清兵进入福建 ，渐次夺 回漳 、泉等
地，郑氏仍占金、厦等地。康熙十八年（1679年），三藩之乱已告尾声，平定台湾时机已至。
康熙十九年（1680年）二月初四日，福建水师提督万正色统率官兵，由定海出发，初六日抵达海坛，与郑军水师爆发水战，“分前锋兵为六队，直冲而入 ，亲统巨舰继之 。又以轻舟绕出其左右，并力夹攻。炮火齐发，击沉贼船十六艘，溺水死者三千余人”。清兵平定金门、厦门等地，郑军将领朱天贵率领郑军文武官六百余人、兵二万余人、大小船三百余艘归顺清朝，其余郑氏残余力量退守台湾。